Konten GC (guanin-sitosin) adalah persentase basa nitrogen dalam molekul DNA atau RNA yang berupa guanin (G) atau sitosin (C). Pengukuran ini menunjukkan proporsi basa G dan C dari empat basa total yang tersirat, juga termasuk adenin dan timin dalam DNA dan adenin dan urasil dalam RNA. Konten GC dapat diberikan untuk fragmen DNA atau RNA tertentu atau untuk seluruh genom. DNA dengan kandungan GC rendah kurang stabil dibandingkan DNA dengan konten GC tinggi (Yakovchuk et al. 2006).
Sementara itu, ikatan hidrogen tidak memiliki pengaruh yang signifikan terhadap stabilitas molekul, yang disebabkan terutama oleh interaksi molekul dari susunan basa. Rasio GC dalam genom sangat bervariasi. Variasi rasio GC dalam genom organisme yang lebih kompleks ini menghasilkan formasi mirip mosaik dengan daerah pulau kecil yang disebut isokor (Bernardi 2000).
Isokor yang kaya GC biasanya mencakup banyak gen pengkode protein di dalamnya, dan dengan demikian penentuan rasio GC dari wilayah spesifik ini berkontribusi untuk memetakan wilayah kaya gen dari genom (Sumner et al. 1993). Kandungan GC ditemukan menjadi variabel dengan organisme yang berbeda, proses yang dianggap berkontribusi oleh variasi dalam seleksi, bias mutasi, dan perbaikan DNA terkait rekombinasi bias (Birdsell 2002).
Daftar Pustaka
Bernardi G. 2000. Isochores and the evolutionary
genomics of vertebrates. Gene. 241(1):3–17.
Birdsell JA. 2002. Integrating genomics,
bioinformatics, and classical genetics to study the effects of recombination on
genome evolution. Mol Biol Evol.
19(7):1181–1197.
Sumner AT, de la Torre J, Stuppia L. 1993. The distribution of genes on chromosomes: a cytological approach. J Mol Evol. 37(2):117–122.
Yakovchuk P, Protozanova E, Frank-Kamenetskii MD. 2006.
Base-stacking and base-pairing contributions into thermal stability of the DNA
double helix. Nucl Acid Res. 34(2):564–574.
Tidak ada komentar:
Posting Komentar