Hibridisasi DNA-DNA (DDH)

Hibridisasi DNA-DNA (DDH) adalah metode lab basah yang saat ini masih digunakan sebagai standar emas taksonomi untuk delineasi spesies di Archaea dan Bakteri. Jika DNA genom dari dua organisme masing-masing menunjukkan kemiripan DDH di bawah 70%, ini adalah argumen utama untuk menganggapnya sebagai spesies yang berbeda dan sebaliknya (Wayne et al. 1987). 

Teknik DDH saat ini dibuat hanya di beberapa laboratorium khusus, dan memerlukan beberapa pengulangan eksperimental untuk menentukan keyakinan statistik eksperimen tersebut, karena rentan terhadap penyimpangan eksperimental, Misalnya, mengenai batasan spesies dalam mikrobiologi, pertanyaan yang relevan adalah apakah nilai DDH jauh di bawah atau di atas 70%. 

Hal tersebut sangat penting dalam konteks pendekatan polifasik, di mana bukti dari DDH harus dipertukarkan dengan kriteria lain seperti pengukuran fenotipik (Vandamme et al. 1996). Eksperimen DDH dapat dihilangkan dalam deskripsi spesies baru hanya jika kemiripan urutan 16S rRNA di bawah ambang tertentu. Jika sekuen DNA dari dua organisme menunjukkan nilai DDH di bawah ambang batas 70%, dapat dianggap sebagai spesies yang berbeda (Stackebrandt dan Goebel 1994). 

Daftar Pustaka 

Stackebrandt E, Goebel BM. 1994. Taxonomic note: a place for DNA-DNA reassociation and 16S rRNA sequence analysis in the present species definition in bacteriology. Int J Syst Bacteriol. 44(4):846–849.  

Vandamme P, Pot B, Gillis M, de Vos P, Kersters K, Swings J. 1996. Polyphasic taxonomy, a consensus approach to bacterial systematics. Microbiol Rev. 60(2):407–438.

Wayne LG, Brenner DJ, Colwell RR, Grimont PaD, Kandler O, Krichevsky MI, Moore LH, Moore WEC, Murray RGE, Stackebrandt E et al. 1987. Report of the Ad Hoc Committee on reconciliation of approaches to bacterial systematics. Int J Syst Bacteriol. 37(4):463–464.